Hořeček mnohotvarý český se řadí ke kriticky ohroženým druhům rostlin. Od padesátých let minulého století rapidně klesla jeho početnost v celé České republice. Na Českomoravské vrchovině je známo pouze 11 lokalit, na kterých se od roku 2000 vyskytl. Na některých z nich můžeme právě v tuto dobu vidět jeho krásné fialově zbarvené květy, a to například v okrese Třebíč v přírodní památce Jalovec a na stráni u železniční zastávky v Číchově.